Kegiatan penelitian diklasifikasikan ke dalam dua program yaitu Program Penelitian Internal dan Program Penelitian Eksternal. Program Penelitian Internal diarahkan untuk menghasilkan penelitian mandiri, publikasi ilmiah dan peningkatan budaya meneliti. Program ini didanai internal Universitas Muhammadiyah Sidoarjo. Sedangkan Program Penelitian Eksternal lebih difokuskan pada penelitian yang didanai dari berbagai sumber lainnya di luar dana Universitas Muhammadiyah Sidoarjo, misalnya Program Penelitian DP2M DIKTI.  Kedua Program Penelitian ini dikoordinasikan oleh LPPM. Program Penelitian DP2M DIKTI, di antaranya :

  1. Penelitian Dosen Pemula
  2. Hibah Pekerti
  3. Hibah Bersaing
  4. Hibah Fundamental
  5. Hibah Penelitian Strategis Nasional
  6. Hibah Kompetensi
  7. Hibah Pascasarjana
  8. Hibah Doktor
  9. Program Kreativitas Penelitian Mahasiswa (PKPM)
  10. Program Kreativitas Mahaiswa Penulisan Ilmiah (PKMI)